Die Gefahren des Ausbaus für das Naturschutzgebiet
Durch einen sechsspurigen Ausbau der Autobahn wird der Lärmpegel durch den Verkehr erheblich steigen, wodurch zusätzlich eine Lärmschutzwand notwendig wird. Diese erhöht zum einen weiter die Kosten des Ausbaus und hat zudem unabsehbare Folgen für die Flächen im Mainzer Sand: Lärmschutzwände haben zur Folge, dass Pflanzensamen und Insekten nicht nur einen 35 Meter breiten Graben, sondern auch noch acht Meter hohe Hindernisse überwinden müssen.
Durch das Anschneiden der Böschung und den Bau der Stützmauern für die neuen Böschungen droht sich das Wasservorkommen im Gebiet zu verändern. Nahe der Böschung finden sich die besonders wertvollen Adonisröschen und die Sandsilberscharte. Durch Schattenwurf, den Ausschluss des Windes, die erhöhte Feuchtigkeit und die räumliche Isolierung kann im weiteren Umfeld das Mikroklima erheblich beeinträchtigt werden. Dabei ist gerade das vorherrschende Steppenklima (viel Wärme, Licht, Trockenheit und Wind) das Besondere am Mainzer Sand und am Lebensraum für die seltenen Pflanzenarten.
Das Gebiet des Mainzer Sands ist ein europäisch bedeutsames Refugium für Floren und deren charakteristischen Tierarten. Die Folgen eines Eingriffs sind nicht so offensichtlich, doch diverse heimische Arten könnten eine der letzten Lebensstätten verlieren. Durch den Flächenverbrauch für die zusätzlichen Spuren werden Lebensraumtypen von europäischer Bedeutung nahe der Trasse gefährdet, darunter etwa Steppenrasen und Sandtrockenrasen. Es besteht die Gefahr von deren Beeinträchtigung durch Stickstoffeinträge. Viele Schmetterlingsarten sind auf diese Trockenrasen angewiesen, gefährdet sind damit auch geschützte Arten.